Der Hauptunterschied zwischen PCIe und AGP:
<s>AGP ist ein paralleles Bussystem, PCIe dagegen eine serielle Punkt-zu-Punkt-Verbindung.</s>
An Bussen können mehrere Signaltreiber hängen, es sind Busabschlüsse wie Clamping-Dioden erforderlich, um Wellenreflektionen zu verhindern (siehe z.B. auch BNC-Netzwerk).
Serielle Punkt-zu-Punkt-Verbindungen dagegen sind schon an beiden Enden durch die Signaltreiber terminiert und es kann niemand dazwischen Daten abgreifen .
Das ist aus Sicht eines Elektrotechnikers der große Unterschied zwischen PCIe und AGP.
Bei PCIe x16 hat man 16 solcher Punkt-zu-Punkt-Verbindungen (auch Lanes genannt).
/EDIT: Arg, jetzt hab ich mich vertan. AGP stellt auch eine Punkt-zu-Punkt-Verbindung dar, nur eine parallele statt einer seriellen. Das alte PCI stellt ein Bussystem dar.
Mit zunehmender Komplexität von 3D-Szenen oder bei Berechnungen abseits von 3D-Rendering (z.B. über Nvidias Cuda) kann PCIe auch den Vorteil der größeren Bandbreite ausspielen, bei bisherigen Spielen war das aber eher weniger der Fall. Inzwischen kann es in Einzelfällen bei Spielen mal 20% mehr fps ausmachen, wenn man auf PCIe statt auf AGP setzt.
Bedeutender ist der Performance-Unterschied beim Offline-Rendering und beim 3D-Modelling, wo mit teils sehr komplexen Szenen rumhantiert wird.
P.S.: Der Wechsel von PCI/AGP nach PCIe zeigt einen generellen Trend in der Hardwarebranche. Man versucht, von parallelen Bussystemen wegzukommen und auf serielle Datenübertragung zu setzen.
Weitere Beispiele: Centronics (Parallel-Schnittstelle) -> USB, PATA (IDE) -> SATA, FSB -> Hypertransport